Francisco Fernandes é licenciado em Engenharia Civil pelo Instituto Superior Técnico em 1997.

Após um estágio curricular na Sociedade de Empreitadas e Trabalhos Hidráulicos iniciou a sua carreira, em 1999, na área da orçamentação e controlo de custos na Engil.

Na mesma área, desempenhou funções de controller e responsável por várias áreas de gestão na Eng. Luís Gomes.

Na área de gestão de obra desempenhou funções de direção de obra nas empresas Marques, Engil e Eng. Luís Gomes, tendo igualmente desempenhado funções de diretor de produção.

Entre outras atividades destacam-se a participação em diversos cursos, seminários e ações de formação profissional nas áreas de engenharia, segurança e higiene no trabalho, certificação energética e gestão, como projetista e perito qualificado do sistema de certificação energética.

Em 1992, fundou a Rota Jovem, associação juvenil sem fins lucrativos, sediada em Cascais, com a missão de contribuir para a promoção da cidadania ativa junto da juventude, com o intuito de participar na construção de uma sociedade com cidadãos mais conscientes, socialmente comprometidos, participativos e criativos.

Responsável, como presidente da comissão organizadora, por diversos eventos científicos designadamente o 10º Congresso Nacional de Sismologia e Engenharia Sísmica, o 16º Congresso Nacional de Geotecnia, as 6as Jornadas Luso-Espanholas de Geotecnia e o International Workshop on Natural Hazards.

Membro Sénior da Ordem dos Engenheiros tem como formação complementar um Mestrado em Gestão e Administração de Empresas, pela Universidade dos Açores (2003), é Perito Qualificado no Sistema de Certificação Energética (SCE-RCCTE), pela ADENE – Agência para a Energia e Técnico Superior de Segurança e Higiene do Trabalho – Nível 5. É ainda membro da Direção da Sociedade Portuguesa de Engenharia Sísmica e vogal do Conselho Fiscal do Fundo para o Desenvolvimento das Ciências da Construção.

Desde janeiro de 2012 desempenha as funções de Diretor do Laboratório Regional de Engenharia Civil dos Açores.